保稅貨物於存倉期間銷售，應依規定開立統一發票報繳營業稅，財政部籲營業人自行檢視，保稅貨物於存倉期間有銷售與他人，惟未依規定開立統一發票報繳營業稅情事者，在未經檢舉及未經稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查前，儘速主動向主管稽徵機關補報並補繳所漏稅款及加計利息，可依稅捐稽徵法第四十八條之一規定免予處罰。

財政部北區國稅局指出，我國國際貿易蓬勃發展，營業人考量稅費負擔及貨物處理之靈活性等因素，常運用非自用保稅倉庫及物流中心進儲保稅貨物。課稅區營業人如將進儲保稅區之保稅貨物於存倉期間銷售與他人，係屬在中華民國境內銷售貨物，應依規定開立統一發票交付貨物買受人並依規定報繳營業稅。

保稅貨物於申報D2報單（即保稅貨物出保稅倉進口）進口前，存放保稅倉庫期間如發生銷售予保稅區或課稅區營業人之交易，雖貨物仍存置於保稅區，並未向海關申報進入課稅區或出口者，仍屬在中華民國境內銷售貨物，除屬銷售與保稅區營業人供其營運用之貨物，及保稅區營業人銷售與課稅區營業人存入自由港區事業或海關管理之保稅倉庫、物流中心以供外銷貨物之情形，得適用零稅率並開立統一發票外，應開立應稅統一發票交付貨物買受人並依法報繳營業稅。

該局舉例，課稅區營業人甲公司於一一三年間自國外進口保稅貨物並存放於非自用保稅倉庫內，其於存放保稅倉庫期間將保稅貨物銷售予其他課稅區營業人銷售額計七百萬餘元，經該局查獲其未依規定開立統一發票報繳營業稅，除補徵營業稅三十五萬餘元外，並依加值型及非加值型營業稅法第五十一條第一項第三款及稅捐稽徵法第四十四條規定擇一從重裁處罰鍰三十五萬餘元。