關於草案第11條，當事人就行政法院事實關係之調查，應協力為之。陳清秀教授談到，違章案件裁罰處分之訴訟，德國立法例係「準用刑事訴訟法之處罰程序」規定，並未課予人民協力義務，適用刑事訴訟程序「不自證己罪原則」，違章行為人享有保持「緘默」權利。而且違章處罰程序上，法院於審判時應適用「無罪推定原則」(無責任推定原則)，適用高度證明程度，「在有疑問時，應為有利於人民(納稅者)之認定。」草案因為考量稅務違章案件在本稅及罰鍰處分上係統一適用「同一稅務訴訟程序」，由行政法院「統一併案審理」，因此將本稅稽徵程序上之協力義務，亦一體適用到處罰爭訟程序，導致可能發生違反「不自證己罪原則」，而使納稅者權利保障不足之現象。

最高行政法院退休法官林文舟也請陳清秀教授代為提出意見，他表示草案第11條第2項關於課予當事人包括裁罰處分相對人(行政訴訟原告)在法院審理程序亦有協力義務，第12條要求原告就一切事實包括租稅行政罰要件事實都應真實及完全陳述，並得以強制處分，令其提出等規定，乃違反不自證己罪原則，侵害人民基本權(人性尊嚴、人格權)，並牴觸納稅者權利保護法立法目的，有違憲之虞。

立委吳宗憲質疑：既然已有強制律師代理，為什麼還要課予當事人的到場義務呢？此到場義務似乎轉換成納稅義務人的舉證義務責任，被強制到場說明，何況目前很多情況當事人不到場，也可以去計算那個稅額。

蔡靜玫律師表示，現行實務稅捐機關經常有未盡舉證責任，即要求納稅人(原告)盡協力義務之情形，建議參考刑事訴訟法改良式的當事人進行主義，在行政機關之舉證責任已完竟，事實仍有不明，納稅人始有配合協力之義務。她認為資訊時代稽徵機關所掌握的課稅資料，不亞於納稅人，法條設計卻用舊思維角度，將納稅人之協力義務，無限上綱，不但超過舉證責任方最不利是承受敗訴風險的原則，而會被科處連續罰鍰，甚至凌駕不自證己罪的法律原則。

立委黃國昌提出，稅務案件當事人協力義務與排除不自證己罪，兩者的原則相衝突時，要怎麼調和？草案第12條課予當事人協力義務，第14條排除不自證己罪的原則，第15條甚至連行政訴訟法拒絕證言的規定，全部都排除掉，這樣子的侵入性是不是有必要性？這個絕對會影響到最後訴訟的勝敗，未來實際案件在適用的時候，對於當事人或者納稅義務人，產生過度的侵害。

蔡朝安律師表示，草案中對納稅人協力義務的規範引發熱議，建議應以《納保法》為解釋基礎，確保協力義務不過度擴大，以免凌駕於稅務機關的舉證責任之上。特別是第12條和第14條關於強制處分的規定，建議重新評估，避免納稅人因違反協力義務承受過重懲罰，違背比例原則。

中正大學財經法律學系暨研究所教授盛子龍建議在證明標準上面，把本稅跟罰款的證明標準區隔開來，本稅的證明度可以因為納稅者違反協力而降低，但是在罰款的時候，基本上還是必須嚴格遵守處罰的證明標準，在證明標準當中做區隔，很多的問題就可以迎刃而解。

劉昌坪律師表示，不自證己罪，是來自於人性尊嚴，憲法肯定人性尊嚴，因此它有存在的重要性跟必要性的。不自證己罪是一個憲法上權利，怎麼能說在稅法上因為要保障誠實的納稅人，所以不自證己罪原則應該退讓？